Une mystérieuse île flotante fait son apparition au dessus de l'Île des
Yoshis. Peu de temps après, des bébés de l'école de l'Île des Yoshi se font mystérieusement enlevés, dont Bébé Luigi !
Par chance, Bébé Mario, Bébé Donkey Kong, Bébé Wario et Bébé Peach échappent à l'enlèvement ! Yoshi et les bébés tentent de
percevoir ce mystère et se mettent à la recherche de Bébé Luigi...